Le nom de la commune vient de “Magny” qui signifie maison rurale et “Vernois”, lieu planté de vernes (aulnes). A l’origine, Le Magny-Vernois n’était qu’une ferme appartenant à l’Abbaye de Lure.
Le patrimoine architectural est composé par le moulin banal édifié par les Abbés de Lure, solidement restauré au XVIIIème siècle et par l’église Saint-Desle construite et agrandie au XIXème siècle, présentant un clocher carré à tour en flèche restauré en 2003.
La commune est arrosée par la Reigne qui se jette dans l’Ognon. Le relief est assez plat et on compte environ 230 ha boisés avec chemins de randonnées notamment vers la Source Saint-Desle ainsi que le sentier d’interprétation “Parcours de La Reigne”, nom de la rivière qui longe en partie ce chemin. La zone de loisirs est aménagée avec jeu de boules, parcours de santé, courts de tennis, terrain de foot
La commune eut longtemps pour Maire, M. Jean GIRARDOT, réputé pour ses ouvrages d’histoire locale.
